Сравнение протоколов экстракции ДНК из растительного материала вишни обыкновенной и черешни

Для создания новых сортов плодовых культур важно эффективно использовать генетические ресурсы, исследуя их современными методами молекулярной биологии и генетики, что требует высококачественных образцов ДНК. Экстракция ДНК из растительного материала сложна из-за ингибирующих веществ, таких как полифенолы и полисахариды. В исследовании проведено сравнение четырех модификаций ЦТАБ-метода для экстракции ДНК из лиофилизированных листьев вишни обыкновенной (сорта ‘Ассоль’, ‘Белые Журавли’, ‘Русинка’) и черешни (сорта ‘Подарок Рязани’, ‘Фатеж’, ‘Чермашная’). Испытаны модификации с изменением состава лизирующего буфера и отмывочного раствора. Контрольный метод – оригинальный ЦТАБ. Экстракция проводилась в трехкратной повторности. Концентрация и чистота ДНК измерялись на спектрофотометре, деградация оценивалась с помощью электрофореза, а ингибиторы – с использованием ПЦР в реальном времени. В ходе проведенного исследования установлено, что первая модификация метода ЦТАБ обеспечивает получение образцов ДНК с наивысшей степенью чистоты. Анализ спектрофотометрического показателя А260/280 продемонстрировал значения в диапазоне от 1,89 до 1,91 со средним значением 1,87 для первой модификации. Вторая модификация также позволила получить высокоочищенные образцы ДНК, однако в некоторых было отмечено присутствие незначительного количества РНК. Показатель А260/230 подтвердил преимущество первой модификации ЦТАБ-метода в получении высокоочищенной ДНК. Среднее значение составило 2,08, что сопоставимо с показателем оригинального метода. Определение концентрации ДНК в водных растворах выявило наибольший выход ДНК при использовании первой модификации ЦТАБ-метода. Концентрация варьировалась от 594,80 до 852,10 мкг/мл со средним значением 700,82. Статистический анализ подтвердил достоверное превосходство первой модификации по сравнению с контролем (и другими модификациями) в отношении показателей чистоты и выхода ДНК. На основании полученных результатов первая модификация ЦТАБ-метода рекомендована как оптимальный вариант для экстракции ДНК из растительного материала вишни обыкновенной и черешни.

1. Клименко И. А. и др. Эффективный способ выделения ДНК для ПЦР-анализа из «балк-образцов» проростков, Адаптивное кормопроизводство. 2021;3(47):29-48. DOI: 10.33814/AFP-2222-5366-2021-3-29-48.

2. Токмаков С. В., Супрун И. И., Ильницкая Е. Т. ДНК-маркерные технологии в изучении генетического разнообразия плодовых культур и винограда. Москва.2023;17:103-104.

3. Рябушкина Н. А., Омашева М. Е., Галиакпаров Н. Н. Специфика выделения ДНК из растительных объектов, Биотехнология. Теория и практика. 2012;2:9-26.

4. Сейтаджиева С. Б. и др. Оптимизация методики выделения ДНК для изучения генетического разнообразия эфиромасличных роз (Rosa L.), Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 2024;185(3):191-198. DOI: 10.30901/2227-8834-2024-3-191-198.

5. Дрейпер Д. и др. Генная инженерия растений. Лабораторное руководство. Учебное издание. Мир. 1991.

6. Doyle J. J., Doyle J. L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochemical bulletin. 1987.